第一章 R基础
一、什么是R
1.编程：面向对象的编程语言
2.使用者：有着统计分析功能及强大作图功能的软件
3.开发者：一组开源的数据操作
二、R的优点
免费、跨平台、简单易学、程序小巧、易扩展。
三、R的安装
R的官网：https://www.r-project.org/
安装程序如下图所示：进入官网，点击download R进入下载页面，选择离自己最近的服务器链接，这里选择兰州大学镜像（CRAN）：
https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/，后针对自己的操作系统选择相应的安装程序进行下载，以下以windows 10系统为例。

图1 R网址主页

图2 R在全球的下载镜像

图3 下载安装R

4 下载R底层基础、捐献包或者工具包

图5 下载安装最新的安装包
下载完成后，我们双击即可执行安装，首先选择安装的语言，然后按照默认的选项点击“下一步”即可完成安装（安装路径可默认，也可接受更改，但需要注意的是新建的安装路径文件名必须为英文不能为中文，否则会出错），安装完成后，会在桌面出现蓝色R字图标的快捷方式，现在就完成了R语言环境的安装。
图6 R快捷方式
双击桌面的R程序快捷方式（R x64 3.6.1或R i386 3.6.1，安装的版本及操作系统不同，对应的名称也会有所差异）打开R的界面。
图7 R程序启动后的界面
当中的白色界面称为R Console或R控制台，可以在控制台中号右侧输入命令，然后控制台会立即返回结果。
四、Rstudio的认识与安装
RStudio是一套集成工具，旨在帮助您提高R的工作效率。它包括控制台（console）、支持直接代码执行的编辑器，以及各种用于绘图、查看历史、调试和管理工作区的强大工具。注：要先安装R软件，之后才能安装RStudio。
Rstudio官网：https://rstudio.com/，下载选择免费版本，下载好后默认安装即好（路径选择可选默认，也可更改，但依然同R安装要求一致）。
图8 Rstudio主页

图9 Rstudio程序下载选择

图10 Rstudio程序启动页面
R studio启动页面可设置（Tools-Global options）：

图11 Rstudio显示页面设置

图12 选择平铺方式，依据个人习惯进行选择
安装过程中可能遇到的问题：
（1）Rstudio安装后打不开页面，可能原因是windows 10系统自带防火墙原因，可选择暂时关闭防火墙再次重试，打开后在启用防火墙。
（2）Rstudio出现拒绝访问，可选择查看程序属性，进行以管理员身份运行。
以上的内容，您学会了吗？后期七师兄将陆续上线<R语言与数据可视化>系列操作SOP教程，需要的小伙伴记得一定要关注我们哟！
下期软文预告：R程序包的安装激活、更新、删除及其使用求助。
要点预览
高通量数据库挖掘与网络图构建分析学习班
11月16日-17日（15号报到）
上海中兴和泰酒店
报名方式见文末
课程背景简介高通量数据挖掘与分析是基于生信的方法从芯片及测序高通量数据中挖掘到与研究方向最相关的靶标基因（mRNA，miRNA，lncRNA或蛋白）。随着高通量手段的不断进步，测序和芯片的成本也逐渐降低，速度也越来越快，使用高通量手段（测序/芯片）进行科研的优点非常明显，也是大势所趋！ 
做过测序或者芯片实验的科研人员越来越多，虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析，比如过滤、质控比对、定量和差异等，但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析，并不能完整的讲一个故事！我们也很难在大量的差异基因中筛选获得关键基因。因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力，从海量信息中获得自己想要的关键基因！
培训目的与预期培训目的：很多学员都做过测序或者芯片实验，虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析，比如过滤、质控、比对、定量和差异等，但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析，并不能完整的讲一个故事！因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力，从海量信息中获得自己想要的关键基因！
培训预期：通过2天的培训（半天理论课程+1天半实践操作），使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点，可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。通过该主题的学习，可以学会：
1、高通量公共数据的详细信息查找/下载
2、在线做差异表达分析
3、在线blast分析
4、基因ID转换
5、通路map图制作
6、功能富集分析
7、蛋白互作分析
8、网络图的构建和美化
讲师简介宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。
培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等。
课程安排
案例图片展示








培训费用2800元/人，注册费包含会场、教材、专家讲课费，一小时串联视频等费用，不含住宿费。
优惠政策：
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料与发票
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元
4.五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！ 
5.参加过本学习班TCGA/GEO数据挖掘的学员可以享受半价优惠。
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：携带windows系统的电脑，苹果电脑请务必提前做好双系统。现场不得录音录像。
培训时间、地点、主办方培训时间：11月16日-17日 （15日报到）
培训地点：上海中兴和泰酒店，浦东新区科苑路866号
住宿推荐：上海中兴和泰酒店   豪华大床/豪华标间 500元/间 (含早餐、含宽带)，办理住宿时告诉前台是参加此学习班的即可，住宿费办理住宿时交给酒店前台。住宿费发票将在退房时由酒店开具给您。
主办方：医药加科研培训中心
承办方：上海循掘生物科技中心
咨询报名：请加学习班秘书微信bioojia01

联系人：金老师 18917745941 王老师 13818765978
医药加金牌讲师团会在现场给学员们面授科研策略与技能。

医药加金牌学习班特色：
医药加金牌学习班自开办以来，已经成功举办了几百期，培训了全国（包涵港、澳、台地区）及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进，获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班，是让学员们真正能够学以致用，在科研上更上一层楼的学习班。
10-11月份医药加学习班课程安排
咨询报名：请加学习班秘书微信bioojia01
11.9-10广州南洋长胜酒店第11期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题研讨会11.9-10广州南洋长胜酒店2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）11.8-10北京金泰绿洲酒店第48期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班11.9-10北京金泰绿洲酒店临床研究设计与实用医学统计研讨班11.9-10北京金泰绿洲酒店第15期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班11.16-17北京金泰绿洲酒店2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）11.16-17上海中兴和泰酒店基于R语言的机器学习与医学研究11.16-17上海中兴和泰酒店高通量数据挖掘与网络构建作图班11.23-24上海中兴和泰酒店非编码RNA数据分析与课题设计学习班11.23-24上海中兴和泰酒店临床研究设计与实用医学统计研讨班11.23-24上海中兴和泰酒店第16期基因编辑技术学习班11.23-24清华伯克利深圳学院单细胞测序数据分析挖掘与课题设计面授会11.22-24清华伯克利深圳学院第38期调控性非编码RNA与外泌体研究实战研讨班11.22-24清华伯克利深圳学院python语言零基础三天学习班11.30-12.1哈尔滨医科大学附属肿瘤医院第十三期TCGA,GEO生信高通量数据挖掘专题学习班11.30-12.1北京金泰绿洲酒店临床资料深度挖掘与临床预测模型构建提高研讨班11.29-12.1上海中兴和泰酒店第49期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班

【标书全文鉴赏】5份经典国自然中标标书全文，案例解读、优劣分析
国自然套路（非编码，外泌体，甲基化等热点）集合，课件+视频+文献下载
利用伞状综述发的一篇IF:19分的文章分享
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2020国自然准备套路：9种常见分子机制与常见实验方法
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非编码RNA方向美国自然科学基金标书摘要10篇精选
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